Sul contratto viene specificato chi sono (e quindi quanti sono) gli inquilini di un appartamento. E questo per evitare che qualcuno decida di vivere in 20 in un monolocale. 
Quindi se la proprietaria non vuole che sua nipote viva con lei perchè non vuole avere due persone in un appartamento che ritiene adatto ad una persona sola... c'è poco da fare se non trovarsi un altro appartamento che preveda due inquilini. 

Buongiorno, non mi risulta ci siano leggi che vietino a sua nipote di prendere la residenza con lei (a meno che non vi sia una clausola sul contratto secondo me non valida). Lei ha il dovere di comunicare la questione alla proprietaria ma non credo si possa rifiutare (mi dispiace dirLe questo ma forse ha paura che sua nipote in caso di eventi gravi subentri nel contratto di affitto?). Premetto, non essendo un avvocato, chieda anche conferma a un patronato o a un associazione inquilini ma per me basta che una volta che Sua nipote prende la residenza con Lei fa una bella raccomandata per avvisare la proprietaria che ne prenderà atto e lo comunicherà all'amministratore.